A comprehensive in silico exploration of the impacts of missense variants on two different conformations of human pirin protein

Khan, Auroni Semonti; Parvez, Nahid; Ahsan, Tamim; Shoily, Sabrina Samad; Sajib, Abu Ashfaqur

doi:10.1186/s42269-022-00917-7

Bulletin of the National Research Centre

Table 2 Impacts of potentially pathogenic missense variants on pirin stability

From: A comprehensive in silico exploration of the impacts of missense variants on two different conformations of human pirin protein

Variants^a,	Changes in Fe²⁺ bound Pirin Stability, ∆∆G (kcal/mol)^b					Variants^a,	Changes in Fe³⁺ bound Pirin Stability, ∆∆G (kcal/mol)^b
Variants^a,	mCSM	DeepDDG	INPS3D	MAESTROweb	PremPS	Variants^a,	mCSM	DeepDDG	INPS3D	MAESTROweb	PremPS
G19A	− 0.281	− 1.309	0.12	− 0.045	− 0.85	G19A	− 0.348	− 1.419	0.099	− 0.036	− 0.97
V24F	− 1.211	− 0.729	− 0.38	0.736	− 1.19	V24F	− 1.27	− 1.047	− 0.395	0.723	− 1.35
R25W	− 0.567	− 0.445	− 0.574	0.396	− 1.27	R25W	− 0.577	− 0.109	− 0.276	0.348	− 1.24
*I28T*	− 2.411	− 1.377	− 2.543	− 1.268	− 2.03	*I28T*	− 3.068	− 1.927	− 2.511	− 1.317	− 2.4
P38L	− 0.932	− 3.204	− 0.523	0.592	− 0.73	P38L	− 0.965	− 3.391	− 0.523	0.426	− 0.73
D43H	− 1.98	− 0.887	− 0.623	0.121	− 0.55	D43H	− 1.564	− 0.509	− 0.679	0.212	− 0.71
H56Q	− 0.754	− 0.396	− 0.853	1	− 1.33	H56Q	− 0.9	− 0.529	− 0.853	0.246	− 1.54
H58R	− 1.891	− 1.472	− 0.258	− 0.005	− 1.51	H58R	− 1.97	− 1.444	− 0.321	− 0.016	− 1.59
*R59P*	− 1.594	− 2.737	− 1.567	− 1.498	− 1.41	*R59P*	− 1.571	− 2.829	− 1.612	− 1.767	− 1.56
*R59Q*	− 1.478	− 1.578	− 1.013	− 1.66	− 1.94	*R59Q*	− 1.485	− 1.538	− 1.068	− 1.781	− 2.09
G60S	− 1.841	− 3.177	− 0.912	− 0.479	− 1.56	G60S	− 1.889	− 3.076	− 0.912	− 0.531	− 1.69
G60V	− 0.605	− 3.761	− 1.185	0.065	− 1.44	G60V	− 0.6	− 3.656	− 1.185	0.252	− 1.52
G70A	− 0.78	− 2.001	− 0.099	− 0.102	− 0.3	G70A	− 0.811	− 1.701	− 0.125	− 0.014	− 0.4
G70R	− 0.746	− 1.566	0.119	− 0.045	− 0.53	G70R	− 0.823	− 1.287	0.227	− 0.027	− 0.62
G70V	− 0.685	− 2.375	0.181	0.557	− 0.44	G70V	− 0.693	− 2.049	0.21	0.218	− 0.52
D77E	− 0.601	− 1.97	− 0.586	0.319	− 0.7	D77E	− 0.422	− 2.908	− 0.65	0.328	− 0.77
F78V	− 1.476	− 3.941	− 2.152	− 0.739	− 1.95	*F78V*	− 1.549	− 4.009	− 2.086	− 1.03	− 2.23
H81P	0.725	− 1.264	− 1.286	0.019	− 0.95	H81P	0.696	− 1.189	− 1.242	0.069	− 1.13
G83D	− 1.452	− 1.512	− 0.683	0.599	− 1.27	G83D	− 1.473	− 1.529	− 0.698	0.697	− 1.45
L90F	− 1.604	− 1.029	− 1.032	0.437	− 1.02	L90F	− 1.585	− 0.804	− 1.011	0.441	− 1.16
A95V	− 0.963	− 2.69	− 1.356	1.485	− 1.81	A95V	− 0.899	− 2.24	− 1.356	1.541	− 1.9
G98D	− 1.632	− 3.5	− 0.963	− 1.203	− 1.64	G98D	− 1.789	− 3.266	− 0.987	− 0.548	− 1.78
G98S	− 1.299	− 2.466	− 0.93	0.106	− 1.31	G98S	− 1.421	− 2.281	− 0.938	0.182	− 1.45
H101Y	− 0.182	− 0.845	− 0.116	0.454	− 1.02	H101Y	− 0.016	− 0.744	− 0.116	0.44	− 1.08
Q115K	− 0.339	− 1.437	− 0.796	− 0.556	− 1.46	Q115K	− 0.263	− 1.195	− 0.607	− 0.355	− 1.34
*L116P*	− 1.323	− 4.818	− 3.54	− 1.508	− 2.79	*L116P*	− 1.437	− 4.762	− 3.54	− 1.645	− 3.02
M126T	− 0.114	− 1.028	− 1.544	− 1.123	− 1.37	M126T	− 0.145	− 0.798	− 1.533	− 1.237	− 1.27
P129L	− 0.713	− 1.614	− 0.579	0.436	− 0.69	P129L	− 0.748	− 1.719	− 0.579	0.303	− 0.85
*V151D*	− 3.091	− 5.314	− 3.003	− 1.201	− 2.79	*V151D*	− 3.117	− 5.492	− 3.003	− 1.18	− 2.94
S161Y	− 0.62	− 1.719	− 0.524	0.85	− 0.84	S161Y	− 0.607	− 1.933	− 0.551	0.947	− 0.89
T167I	− 0.191	− 0.479	− 0.846	0.177	− 1.21	T167I	− 0.158	− 0.518	− 0.846	0.512	− 1.21
D173G	0.64	− 2.656	− 0.949	− 0.026	0.01	D173G	0.482	− 2.415	− 1.005	− 0.021	− 0.09
D173N	− 0.137	− 1.544	− 0.597	0.064	− 0.5	D173N	− 0.336	− 1.255	− 0.742	0.141	− 0.48
G179V	− 0.612	− 2.029	− 1.538	− 0.93	− 1.44	G179V	− 0.56	− 2.096	− 1.542	− 0.361	− 1.52
P187L	− 0.369	− 0.886	− 0.814	0.066	− 0.78	P187L	− 0.343	− 0.91	− 0.814	0.037	− 0.85
*W190S*	− 2.767	− 1.464	− 2.712	− 1.465	− 1.26	*W190S*	− 2.707	− 1.415	− 2.654	− 1.568	− 1.42
*L220P*	− 1.386	− 5.855	− 3.385	− 1.341	− 2.32	*L220P*	− 1.379	− 5.872	− 3.402	− 1.261	− 2.49
P245S	− 1.457	− 1.37	− 1.046	− 0.413	− 1.24	P245S	− 1.554	− 1.494	− 1.046	− 0.419	− 1.45
E248A	− 0.689	− 0.603	− 0.581	− 1.544	− 0.51	E248A	− 0.645	− 0.614	− 0.575	− 1.524	− 0.67
E248D	− 0.685	− 0.853	− 0.729	− 0.862	− 1.03	E248D	− 0.597	− 0.835	− 0.704	− 0.879	− 1.19
G254C	− 0.606	− 0.619	− 1.685	− 0.543	− 1.18	G254C	− 0.511	− 0.649	− 1.636	− 0.435	− 1.2
G254V	− 0.199	− 0.862	− 1.482	− 0.709	− 1.56	G254V	− 0.149	− 0.94	− 1.4	− 0.623	− 1.4
*V257A*	− 2.006	− 1.87	− 2.659	− 1.145	− 2.1	*V257A*	− 2.155	− 1.948	− 2.671	− 1.143	− 2.24
M258I	− 0.971	− 1.677	− 2.049	0.268	− 1.67	M258I	− 0.921	− 1.283	− 2.079	0.352	− 1.82
*I264S*	− 2.812	− 2.587	− 3.226	− 1.715	− 2.56	*I264S*	− 2.676	− 2.499	− 3.258	− 1.757	− 2.69

^aVariants that were predicted to significantly reduce pirin stability (∆∆G < − 1 kcal/mol) by all five tools are written in bold italics, whereas those that were predicted to have ∆∆G < − 1 kcal/mol by four tools are written in bold letters
^bNegative ∆∆G values indicate decrease in pirin stability. ∆∆G values of < − 1 kcal/mol are written in bold letters, while ∆∆G values of > 1 kcal/mol are underlined

Back to article page